医院形成"综合医疗与精神卫生两翼齐飞"的学科格局。以下为重点专科/优势专科一览（"_"表示该项未见官方统一披露）：
| 科室 | 复旦专科榜排名(年份) | 国家重点学科(年份) | 国家临床重点专科(年份) | 省重点专科(年份) | 市重点专科(年份) | 院优势专科 | 挂靠中心/实验室资质 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 精神心理科（大精神科，13个亚专科） | 华中区精神医学提名(2023年度) | _ | 国家临床重点专科建设项目（精神心理科，重大疾病心理治疗与干预方向）；国家卫健委中西医协同"旗舰"科室 | 湖南省医学学科建设B类学科；省临床重点专科（重性精神病、成瘾医学、临床心理方向） | _ | 是（龙头学科） | 国家精神医学中心委省共建单位（与湘雅二医院）；湖南省精神医学中心、省精神卫生中心、省心理卫生中心、省成瘾医学临床诊疗中心、省心理健康和精神卫生诊疗质量控制中心挂靠 |
| 神志病科（中西医结合精神科） | _ | 国家中医药管理局重点专科（神志病科） | _ | 省级中西医重点学科（脑病诊疗中心） | _ | 是 | 湖南省中西医结合抑郁症诊疗中心挂靠 |
| 神经内科（5个病区） | _ | _ | 国家临床重点专科培育项目 | 湖南省临床重点专科（睡眠医学、脑血管疾病、神经免疫方向）；省医学学科建设D类学科 | _ | 是 | 国家高级卒中中心/国家三级卒中中心（院级）；湖南卒中中心、湖南卒中联盟主席单位、湖南省卒中防治办公室挂靠单位；高级认知障碍诊疗中心建设单位 |
| 神经外科（5个病区） | _ | _ | 国家临床重点专科培育项目 | 湖南省临床重点专科 | _ | 是 | 国家卫健委能力建设和继续教育中心神经外科建设单位；湖南省帕金森与癫痫专病联盟主席单位挂靠；功能神经外科为省内开拓者 |
| 临床护理专科 | _ | _ | 国家临床重点专科培育项目 | 湖南省临床重点专科（护理学） | _ | 是 | 中华护理学会精神卫生专科护士（京外）培训基地 |
| 检验医学科 | _ | _ | 国家临床重点专科培育项目 | 湖南省临床重点专科建设项目（医学检验科） | _ | 是 | 湖南省临床检验中心、湖南省临床检验质量控制中心挂靠 |
| 医学影像科 | _ | _ | 国家临床重点专科培育项目 | 湖南省临床重点专科 | _ | 是 | 配备3.0T MRI、64排CT、DSA等；放射科为省内神经影像诊断重要基地 |
| 癫痫中心 | _ | _ | _ | _（依托神经内、外科省重点专科） | _ | 是 | 中国抗癫痫协会综合癫痫中心（2026年现场评审）；湖南省帕金森与癫痫专病联盟主席单位 |
| 呼吸内科（呼吸与危重症医学科） | _ | _ | _ | 湖南省临床重点专科（呼吸内科专业） | _ | 是 | _ |
| 心血管内科 | _ | _ | _ | 湖南省临床重点专科（心血管内科专业） | _ | 是 | 胸痛中心建设科室（卒中、创伤、胸痛三大中心一体推进） |
| 儿少心理科（儿童心理卫生专业） | _ | _ | _ | 湖南省临床重点专科（儿童心理卫生专业） | _ | 是 | 儿童心理卫生专业为省内特色亚专科 |
| 肿瘤科（脑肿瘤方向） | _ | _ | _ | 湖南省临床重点专科（脑肿瘤方向） | _ | 是 | 肺癌精准诊疗湖南省重点实验室（杨农团队）；湖南省呼吸肿瘤临床医学研究中心；国家药物临床试验机构（肿瘤专业） |
| 骨科（4个病区） | _ | _ | _ | 湖南省临床重点专科建设项目 | _ | 是 | _ |
| 普外微创中心 | _ | _ | _ | _ | _ | 是 | "最美医生"何恒正专家团队；湖南省胃食管功能性疾病专病联盟主席单位挂靠相关学科 |
说明：1）长沙市级临床重点专科名单中未见该院统一披露的市重点专科，故标注为"_"（官方未统一披露）；2）国家临床重点专科"建设项目/培育项目"均为国家卫健委立项口径，正式"国家临床重点专科"称号以国家卫健委公布名单为准；3）复旦排名仅列可查证条目，2024年度华中区提名完整名单以复旦大学医院管理研究所发布为准。
